Créée en 1999, la MUNASEB est chargée de la gestion d’un régime de santé des étudiants, de la couverture des risques sanitaires et la réparation de leurs conséquences, de la réalisation de toute étude prospective et de toute action éducative visant à améliorer le système de sécurité sanitaire des étudiants.
 
La MUNASEB a installé des dépôts pharmaceutiques dans les villes universitaires de Ouagadougou, Bobo-Dioulasso et Koudougou.
 
Le service de santé universitaire veille sur la santé des étudiants ; en appui, il a été créée une Mutuelle Nationale de Santé des Etudiants Burkinabè (MUNASEB) qui assure la prise en charge médicale des étudiants. Cette prise en charge concerne :
• une gratuité des consultations médicales ;
• une prise en charge à 100% des frais d’hospitalisation ;
• une subvention à hauteur de 80% des frais de pharmacie, d’analyses médicales et de laboratoire
• des entretiens conseils en psychologie, en santé de la reproduction ;
• des consultations gynécologiques.
Tous les étudiants non salariés inscrits dans les universités du Burkina Faso peuvent adhérer à la Mutuelle.
L’adhésion est subordonnée au versement d’une cotisation non remboursable. Elle est individuelle et l’étudiant peut affilier son (sa) conjoint (e) non salarié (e) et ses enfants à la Mutuelle moyennant une cotisation pour chacun d’eux au même taux.
Lors de l’adhésion, l’étudiant doit justifier
Pour lui-même :
-de sa qualité d’étudiant (e) matérialisée par la production d’un attestation d’inscription ;
Pour son conjoint ou sa conjointe :
-de sa qualité d’époux ou d’épouse matérialisée par la production d’une copie légalisée du certificat de mariage et d’un certificat de revenu ;
Pour ses enfants a charge :
-de sa qualité de père matérialisée par la production d’une fiche d’état civil ou d’une attestation de filiation délivrée par une autorité compétente.