Le secrétariat général du CENOU est dirigé par un Secrétaire général nommé par décret pris en Conseil des ministres sur proposition du ministre chargé de la tutelle technique.
 
Le Secrétaire général assiste le Directeur général dans l’application de la politique du CENOU.
Il assure l’intérim du Directeur général en cas d’absence de ce dernier. Il est chargé de la coordination administrative et technique des directions centrales et des directions des centres régionaux.
 
Le secrétariat général du CENOU comprend :

• Les services du Secrétaire général ;
• Les directions centrales ;
• Les directions des centres régionaux des œuvres universitaires.